Εργαλείο «ξετρυπώνει» τα γονίδια που προκαλούν καρκίνο

Αυστραλοί και Αμερικανοί ερευνητές ανέπτυξαν μια νέα μέθοδο ανακάλυψης γονιδίων που προάγουν την εκδήλωση καρκίνου και μάλιστα έχουν ήδη εντοπίσει ένα τέτοιο που φαίνεται να προάγει τους επιθετικούς καρκίνους του μαστού.

Συγκεκριμένα, το Πανεπιστήμιο του Κουίνσλαντ και το Κολέγιο Ιατρικής Albert Einstein ανέπτυξαν μια στατιστική τακτική που εντοπίζει πολλά δυσεύρετα μέχρι σήμερα γονίδια που συντελούν στην καρκινογένεση.

Όπως εξηγεί η επίκουρη καθηγήτρια Jess Mar από το Ινστιτούτο Βιομηχανικής και Νανοτεχνολογίας του αυστραλιανού πανεπιστημίου «η πλειοψηφία των ογκογονιδίων που έχουν εντοπιστεί μέχρι σήμερα αφορούν σε ασθενείς με μια συγκεκριμένη μορφή καρκίνου. Όταν αξιολογείς τα δεδομένα αυτά ως προς τους συγκεκριμένους ασθενείς, τα συχνά αυτά ογκογονίδια τείνουν να ξεχωρίζουν και αλλά σε καμιά περίπτωση δεν μας δίνουν την πλήρη εικόνα. Ακόμα κι αν μια ομάδα ατόμων έχουν τον ίδιο τύπο ή υποτύπο καρκίνου, η μοριακή σύσταση αυτού του καρκίνου είναι διαφορετική από άτομο σε άτομο επειδή η δραστηριότητα των γονιδίων ποικίλει μεταξύ των ανθρώπων. Αν ένα ογκογονίδιο είναι υπερ-δραστήριο σε μια ομάδα ασθενών αλλά ανενεργό σε μια άλλη, είναι στατιστικώς δυσκολότερο να το δούμε αυτό με τα «εργαλεία» που διαθέτουμε. Αν πάλι εστιάσουμε μόνο στην δραστηριότητα ενός μόνο γονιδίου και στις δύο ομάδες ατόμων, ποτέ δεν θα παρατηρήσουμε την αυξημένη δραστηριότητα στην πρώτη».

Η μέθοδος Oncomix (που είναι προσβάσιμη δωρεάν στο British Journal of Cancer) δίνει όμως τη δυνατότητα στους επιστήμονες να κάνουν ζουμ στις γενετικές πληροφορίες που έχουν συγκεντρώσει από καρκινοπαθείς και να εντοπίζουν έτσι γονίδια με δύο διακριτά «εξογκώματα» που περιέχουν δεδομένα χαμηλής δραστηριότητας σε μια ομάδα ασθενών και υψηλής δραστηριότητα στην άλλη.

Η Δρ. Mar και οι συνεργάτες της χρησιμοποίησαν το Oncomix για να εξετάσουν δεδομένα που αφορούσαν τον καρκίνο του μαστού από το μητρώο ασθενών The Cancer Genome Atlas.