Δεν αναγνωρίζει την ύπαρξη του Ισλαμικού Κράτους ο ηγέτης της Αλ Κάιντα, Αϊμάν αλ Ζαουάχρι, ο οποίος χαρακτήρισε παράνομη την οργάνωση και τον ηγέτη της Αμπού Μπακρ αλ Μπαγκντάντι. Ωστόσο, άφησε να εννοηθεί ότι οι μαχητές της θα πολεμούσαν στο πλευρό των μαχητών των τζιχαντιστών εναντίον του συνασπισμού των χωρών της Δύσης στο Ιράκ και τη Συρία, εφόσον κρινόταν απαραίτητο.
Σε ένα ηχογραφημένο μήνυμα που αναρτήθηκε στο Διαδίκτυο, ο Ζαουάχρι λέει: «Δεν αναγνωρίζουμε αυτό το χαλιφάτο». Δεν έχει ξεκαθαριστεί πότε έγινε η ηχογράφηση, ωστόσο οι αναφορές που κάνει σε συγκεκριμένα γεγονότα καταδεικνύουν ότι ενδεχομένως έγινε πριν από οκτώ μήνες.
Παρά την αντιπαλότητα μεταξύ της Αλ Κάιντα και του Ισλαμικού Κράτους, ο Ζαουάχρι υπονοεί ότι ενδεχομένως υπάρχει περιθώριο για συνεργασία μεταξύ των εξτρεμιστικών οργανώσεων όταν πρόκειται για τον πόλεμο εναντίον της Δύσης. «Παρά τα μεγάλα σφάλματα του Ισλαμικού Κράτους, εάν βρισκόμουν στο Ιράκ ή τη Συρία θα συνεργαζόμουν με εκείνους προκειμένου να σκοτώσουμε τους σταυροφόρους και τους κοσμικούς και τους Σιίτες αν και δεν αναγνωρίζω τη νομιμότητα του καθεστώτος τους, διότι αυτό το θέμα είναι μεγαλύτερης σημασίας», τόνισε χαρακτηριστικά.
Ο ηγέτης της Αλ Κάιντα δεν αποκάλυψε τις προθέσεις του προβαίνοντας στα παραπάνω σχόλια. Ωστόσο, όπως σημειώνει το πρακτορείο Reuters, με τις δηλώσεις αυτές φαίνεται να υπαινίσσεται ότι θα μπορούσε να υπάρξει κάποιας μορφής συμφιλίωσης.
Οι δύο τρομοκρατικές οργανώσεις βρίσκονται σε ευθεία σύγκρουση μεταξύ τους. Στις μεταξύ τους συρράξεις έχουν καταγραφεί δεκάδες νεκροί, ενώ δεν διστάζουν να χρησιμοποιήσουν και χημικά όπλα, όπως στην περίπτωση της 27ης Αυγούστου, όταν ομάδα προσκείμενη στην Αλ Κάιντα επιτέθηκε σε χωριά που βρίσκονταν υπό κατάληψη από τους τζιχαντιστές στη Βόρεια Συρία.
